Gobernu Batzordea Elkargoko organu exekutibo eta ordezkaria da.

Honako hauek osatzen dute :

Dekanoa:	Javier Bernal Oteiza
Dekanordea:	Joxe Xabier Arrazola Etxeberria
Idazkaria:	Eduardo Dovale Muiños
Idazkariordea:	Mari Jose García Montes
Diruzaina:	Pilar Abad Martinez A.
Batzordekideak:	Alazne Eizagirre Zubia A.
	Iñaki de Etxaniz Legarrea J.
	Arantza Belastegui Durañona A.

Gobernu Batzordea osatzen duten kideak Estatutuetan ezarritako prozesuaren bitartez hautatzen dira, lau urteko agintaldirako, berraukeratuak izateko aukerarekin. Egungo Gobernu Batzordeak 2006ko azaroaren 23an hartu zuen kargua.